Dans le cas « La confiture est-elle bonne ? », je n'ai aucun doute (même si on pourrait arguer que « La confiture est bonne ? », bien qu'incorrect, est utilisé dans un registre familier).
Par contre, doit-on dire « Quelle confiture est la meilleure ? » ou « Quelle confiture est-elle la meilleure ? »
Spontanément, je dirais que la première tournure est la bonne, et que quelle confiture étant le sujet, il n'a pas besoin d'être répété, mais d'un autre côté la deuxième ne me paraît pas incorrecte pour autant. À vrai dire, voir les deux côte-à-côte me laisse davantage perplexe et je ne parviens pas à me décider.
Qu'en est-il ?