La prémisse de cette question est erronnée : « après que » n'est pas forcément suivi de l'indicatif, même si c'est l'usage le plus courant.
En général, « avant que » réfère à un évènement qui n'est pas encore survenu. Il est donc hypothétique, incertain, donc on utilise le subjonctif. Cet aspect est tellement dominant que la conjonction « avant que » est toujours suivie du subjonctif, même dans les cas où l'évènement est avéré (« il ouvrit la porte une minute avant que nous arrivions¹ »).
Le cas de la conjonction « après que » est plus compliqué. La plupart du temps, elle réfère à un évènement passé, donc certain, et est donc suivie de l'indicatif. Néanmoins, au XXe siècle, des auteurs tels que Camus ou Mauriac ont employé le subjonctif.
Telle avait été en tout ceci l'innocence du professeur que beaucoup de Coustous, dont aucun n'avait voulu assister au mariage, affectèrent de répondre à son salut après qu'il eût trahi. [Mauriac, Génitrix, 1923, p. 333].
Après que tu m'aies abandonnée, j'ai d'abord fui le couvent pour la montagne.
[CAMUS, La Dévotion à la croix, adapté de Calderon de la Barca, 1953, p. 578.]
Les grammairiens ne sont pas unanimes sur la raison de la montée de l'emploi du subjonctif. Certains y voient une simple fusion de l'usage entre « avant que » et « après que », qui sont sommes toutes symétriques (« A avant que B » est largement synonyme de « B après que A ») ; cette fusion est d'autant plus tentante que le mot « que » appelle souvent un subjonctif. D'autres y voient une justification grammaticale : le subjonctif marque la différence de temps entre la proposition principale et la subordonnée (et non ici l'aspect hypothétique de la subordonnée). Certains locuteurs font une distinction entre « après que tu m'aies abandonnée, j'ai d'abord fui le couvent pour la montagne » (évènement qui a un rapport causal avec la proposition principale) et « après que tu es partie, j'ai gagné la montagne » (simple rapport temporel).
Le Trésor de la Langue Française a un article plus détaillé sur le mode du verbe après « après que ». Les citations ci-dessus en sont tirées.
En tous cas, que l'on soit prescriptif ou descriptif, on peut considérer l'indicatif après après que comme préférable, mais en aucun cas comme obligatoire en toutes circonstances.
¹ ou « arrivassions », pour les amateurs de l'imparfait du subjonctif.