C'est similaire à ce qui se passe avec en et des groupes nominaux quantifiés: le groupe nominal est réduit à un pronom verbal, mais le quantificateur reste présent là où était le groupe nominal:
J'ai trois bagages -> J'en ai trois __
J'ai quelques bagages -> J'en ai quelques uns __
J'ai certains bagages -> J'en ai certains __
J'ai tous les bagages -> Je les ai tous __
Comme on peut le voir par le changement de forme de quelques (uns) et de prononciation de tous (/tu/ -> /tus/), on a bien affaire là à des pronoms.
En simplifiant un peu, les syntacticiens formalistes diraient que "toutes ses affaires" ou "quelques bagages" ont une structure comme (GQ(GN)) où chaque groupe quantifié contient un déterminant (toutes/quelques) et un groupe nominal (ses affaires/bagages), qui lui-même peut contenir un déterminant (ses/ø) et un nom (affaires/bagages).
Les et en sont la forme pronominale des groupes nominaux internes de ces groupes quantifiés, ce qui laisse tous et quelques privés d'un groupe nominal qui dépendrait d'eux. Mais comme il s'agit de déterminants (qui en français doivent normalement obligatoirement avoir un dépendant), il ne peuvent pas rester isolés et sont convertis dans les pronoms correspondants, /tus/ et quelques uns.