Je suppose que le changement est le plus souvent, sinon toujours, fondé sur la racine latine ou grecque lorsque il n'est pas dicté par la fin de l'infinitif du verbe ; dans le cas de « naitre » le « qu » est la restitution du « c » dans le latin « nascere ».
Littré Bourg. nâtre ; provenç. nascer, naisser : cat. naixer ; esp. nacer ; port. nascer, nacer ; ital. nascere ; du bas-lat. nascere, dérivé de nasci.
D'après Wikipédia il n'y aurait pas un grand nombre d'exceptions
Le passé simple se forme principalement selon trois cas :
Cas principaux Dans le même cas⇒ Forme induite au passé simple
participe passé en -é ⇒ passé simple en -a
participe passé en -i ⇒ passé simple en -i
(passé simple aussi en -i) participe passé en -ert + verbes en -dre (sauf -oudre) + faire + voir + battre + vaincre + vêtir + coudre
participe passé en -u mourir ⇒ passé simple en -u
Cas particuliers : avoir, être, tenir/venir (et dérivés), naître.