« The shit hit the fan » c'est au moins très informel sinon vulgaire vu l'emploi de shit.1 Le Collins rend par:
ça a chié (v. inf)
Une réponse s'appuie déjà sur ce verbe, mais seul c'est plus fort à mon avis, et plus naturel que « merder ». Simplement utiliser « quand ça chie » au présent de l'indicatif avec une construction en complément, dans le sens de quand les choses se gâtent ou tournent mal/au vinaigre/pas rond - c'est selon. Mais il s'agit du summum dramatique, d'un moment cathartique en soi: il y a précipitation d'un scénario désastreux, ça saute, parfois un monde s'écroule autour. Ça se produit quand par exemple une information, qu'on ne veut divulguer, s'évente, est révélée, et qu'il y a une réaction, haute en couleur et souvent négative qui suit, ou généralement quand la situation est dramatique et qu'il y a des conséquences navrantes qui changent la donne; on est salement « éclaboussé », ce que d'aucuns tentent d'éviter. The shit hit the fan, tout comme le ça a chié, c'est très elliptique1.5.
On peut aussi s'intéresser au deuxième segment en utilisant l'analogie maritime: les rats quittent le navire; quand il coule, que l'eau monte, quand il s'enflamme etc. mais c'est davantage un instinct qu'une fuite.2 Similaire, au futur:
Tu verras: dès que/lorsque/quand ça va chier, ils vont déguerpir/se sauver/foutre le
camp/décamper/aller se cacher/se défiler.
Bien justement c'est que normalement c'est davantage take cover(Q&A), run for it ou try to cover one's ass qui sont les idiomes de choix, me semble-t-il, plutôt que run for cover. Il semble que la source en anglais ait tenté d'exprimer les trois??
1. Voir TFD(rude/taboo vs. slang pour hits the fan), AHD (vulgar slang vs. slang), Dictionary.com. Une discussion intéressante sur l'origine, dans le sens de la Q&A sur ELU présentée en commentaire, possiblement shit hit de fan avant hit the fan, mais pas dans la littérature(le corpus de Google Books), où c'est l'inverse. On voit aussi que hit the fan est peut-être aussi possible dans le sens d'explosion.
1.5 Une parodie d'article(ici) sur le sujet.
2. "Lors d'une catastrophe, c'est le sauve-qui-peut!"(la débandade), "Lors d'une tempête, on voit les gens rechercher un abri/tenter de s'abriter."(la conséquence logique). Ça illustre à mon avis comment la deuxième partie vient s'appuyer sur la première, sur cet évènement, et autoriser plein de rendus différents et plus élaborés que si on a seulement la première partie, plus générique.