L'article de Wikipédia que tu signales donne déjà un début de réponse pour ton second point
Le /s/ devant une consonne s'est amuï au XIe siècle, aux alentours de 1066, entraînant un allongement compensatoire (et une fermeture permanente de la voyelle /o/), lequel s'est effacé après le XVIIIe siècle
Le changement phonétique n'a pas été imposé par la graphie, c'est l'inverse qui s'est produit. Les changements d'orthographes prennent acte du fait que le /s/
a disparu. La suite de l'article montre d'ailleurs que c'est loin d'avoir été instantané. Quand au caractère conséquent du changement de prononciation, comme il s'est fait graduellement il n'a sans doute pas été perçu par la majorité des locuteurs.
Pour ton premier point
Parfois, l'accent circonflexe n'a pas d'origine précise. Il peut, par exemple, être ajouté à un mot pour le rendre plus prestigieux : c'est le cas dans trône, prône ou suprême. D'autre part, à la première personne du pluriel du passé simple de l'indicatif, l'accent circonflexe n'a été ajouté que par analogie avec celui, motivé, de la deuxième personne du pluriel.
Quant à ton dernier point, la réponse est sans doute oui, peu de choses sont immuables en linguistique, par exemple des mots courants comme château ou gâteau sont souvent fautivement écrit sans et le perdront sûrement à l'avenir. L'Académie a aussi essayé de simplifier
Conscients des grandes difficultés que représente l'emploi de l'accent circonflexe et du nombre d'incohérences dans son emploi, les experts représentant les instances francophones compétentes chargées de mettre au point des simplifications de l'orthographe officielle du français ont proposé en 1990 des rectifications orthographiques, publiées au Journal officiel de la République française6. Le circonflexe devient optionnel sur i et u sauf dans les cas où cela entraîne une ambiguïté (il croît ─ verbe croître ─ garde son circonflexe pour se différencier d'il croit ─ verbe croire).
(Toujours du même article).