Bilan s'applique au stage. Le bilan du stage, c'est la liste de ce qui a été fait, produit ou acquis durant le stage. En principe, on peut faire le bilan de quelque chose à tout moment (un bilan de santé, le bilan des comptes d'une entreprise, …), mais en français moderne, le mot a souvent tendance à évoquer quelque chose qu'on fait à la fin (ce qui se justifie dans la mesure où beaucoup de bilans décrivent l'historique de quelque chose et pas seulement la situation présente).
Conclusion s'applique au rapport. La conclusion d'un texte, c'est la dernière partie, qui résume le contenu en se concentrant sur ce qu'il est le plus important de retenir, et donne éventuellement des pistes de lecture pour la suite.
On peut dire que le rapport de stage en entier fait le bilan du stage. Mais le rapport est plus détaillé que ce que l'on attend en général d'un bilan ; donc on dit plutôt que la conclusion du rapport, qui résume le rapport, est un bilan du stage.
On peut aussi appliquer le mot conclusion au stage, mais dans ce cas il désigne la dernière partie, ce qu'on fait à la fin : c'est donc l'écriture du rapport, ou peut-être la soutenance.