Dans la pratique, compliqué et complexe sont souvent utilisés comme synonymes, complexe est vu comme une forme plus savante de compliqué sans que le sens soit réellement différent.
Certains cependant opposent parfois complexe et compliqué, et alors compliqué décrit quelque chose de plus intrinsèque que complexe, qui décrit plutôt une propriété émergente dans un système composé de multiples choses qui peuvent être simples isolées et dont les rapports individuels peuvent être tout aussi simples.
Les verbes compliquer et complexifier sont aussi utilisés comme synonymes et à nouveau complexifier est alors vu comme une forme plus savante de compliquer sans que le sens soit réellement différent.
Quand on les oppose, complexifier tend à décrire l'ajout de choses pertinentes mais qui rendent l'ensemble plus difficile à saisir, compliquer tend plutôt à décrire une absence de structure (volontaire ou non) dans l'explication ou l'intervention de considérations non pertinentes.