Qu'est-ce que c'est ? veut dire What is it ? (et pas What's going on ?)
Il y a plusieurs façons de poser une question :
1- L'inversion du sujet :
- Viens-tu ?
- Que fait-il ?
- Est-ce vrai ?
L'emploi de l'inversion du sujet est du style soutenu.
2- Est-ce que :
Est-ce que tu viens ?
Qu'est-ce qu'il fait ?
Est-ce que c'est vrai ?
N'essaie pas de décortiquer l'expression, mais considère juste que c'est une expression, un gadget (donc quelque chose de pas forcément utile ou indispensable) qui permet de poser une question.
L'emploi de est-ce que est d'usage courant, considéré par certains (pas par tous) comme familier.
3- Garder l'ordre des mots de la phrase affirmative et marquer l'interrogation :
Tu viens ? (Le ton de viens étant plus haut que celui de tu quand on dit la phrase)
Tu comprendras mieux en écoutant les phrases proposées sur cette page que j'ai trouvée en cherchant sur le Point du FLE, où tu trouveras beaucoup d'autres exercices sur l'interrogation en français.
Donc tu peux très bien dire Qu'est-ce ? pour demander What is it ?, c'est tout à fait correct. Mais personnellement je ne le dis pas tous les jours sauf si je veux faire un effet particulier. Dans la vie de tous les jours je dis Qu'est-ce que c'est ?