A google image search shows bâtisse to bring up many old stone buildings, while bâtiment brings up many newer and larger ones. Both seem to translate to building as a noun.
What is the difference?
Bâtisse is a usually slightly derogatory way to name any unremarkable building. The building doesn't necessarily need to be old to deserve being qualified a bâtisse.
Bâtiment is more common and is not derogatory. It apply more to a large building than a small one, has a wider spectrum of meanings (a submarine, carry-over and cruise ship are bâtiments but definitively not bâtisses). It can also be used to name all the craftsmen and trade around the construction business.
According to google ngram, Bâtisse usage frequency is about twenty five times lower than Bâtiment frequency. It is however in slight raise since the fifties so one shouldn't state the word is deprecated.
Bâtiment est plus courant. Il n'est pas péjoratif, s'applique plutôt à une construction de grande dimension, a un spectre d'utilisation plus large (un sous-marin, un porte-avions et un navire de croisière sont des bâtiments, certainement pas des bâtisses), et désigne aussi de manière générique les corps de métiers liés à la construction (maisons, immeubles, etc.)
D'après google ngram, la fréquence d'utilisation de bâtisse est environ vingt-cinq fois inférieure à celle de bâtiment. Elle est cependant en légère augmentation depuis les années 1950 , il est donc incorrect d'affirmer que ce mot n'est plus utilisé.
Bâtisse est une altération de l'ancien français bastissement basé sur le participe présent de bâtir, alors que le bâtiment provient de bastiment par l'ancien provençal. C'est surtout par métonymie que les sens se sont développés, les sens originaux concernant l'action de bâtir étant aujourd'hui vieillis ou éteints. Larousse les présente généralement comme synonymes, le bâtiment étant marqué comme ayant la fonction de servir d'abri et à isoler, alors que la bâtisse est marquée quelconque et de peu de caractère, souvent péjorativement (TLFi) : On démolit la maison qui faisait l'angle de la rue du Bac et qui avait bon air. On la remplacera sans doute par quelque vilaine bâtisse. (A. France). Bâtisse apparaît sur Ac.9, comme bâtiment. Bâtiment semble toujours et de manière constante avoir été davantage utilisé. Au Québec on emploie en langue courante bâtisse pour bâtiment. Autrement voir aussi immeuble.
No one uses bâtisse anymore, it is deprecated if you will :)
On a more serious note, Batiment is any building, most probably in a city.
Bâtisse could be used for historical buildings. But it is old french. I have never actually heard anyone say or use it.