Bien a un sens positif, on admet comme réalité ce qui le suivra. Deux ellipses nous mènent directement à ces idées de reconnaissance de la réalité X et de son contraste avec la « plus importante » réalité Y :
[J’admets] bien que X, [mais néanmoins] Y.
Malgré contient aussi ce sens positif, même s’il inclut le préfixe « mal- » (jllagre nous fait aussi remarquer que son usage est considéré comme incorrect par les puristes, et même dans une certaine mesure par plusieurs personnes; discussion ici) :
Malgré que X, [néanmoins] Y.
Quoique peut s’interpréter comme « en dépit de », il implique une concession, et admet donc comme réalité la proposition qu’il introduit (X), il en minimise simplement la portée ou l’importance en la contrastant avec la réalité Y, présentée par la suite. Un peu comme bien que, somme toute.
Quoique X, [néanmoins] Y.
En marge de la question
Même si « bien que » est très près de « quoique », je crois qu’il existe une légère différence, le premier étant légèrement plus affirmatif que le second. Cette différence est généralement assez insensible, mais elle peut selon moi apparaître (subtilement) pour certains cas à la limite du réel :
- « Bien que l’on puisse admettre une certaine utilité aux horoscopes, on ne saurait raisonnablement croire à leurs prétendues fondations astrophysiques. »
→ Je semble reconnaître (au moins un peu) une certaine utilité aux horoscopes.
- « Quoique l’on puisse admettre une certaine utilité aux horoscopes, on ne saurait raisonnablement croire à leurs prétendues fondations astrophysiques. »
→ L’utilité des horoscopes est simplement reconnue comme possible, je ne me positionne pas vraiment sur la question. Le fait de ne pas se positionner affaiblit un peu l’affirmation.