Certes en français on prononce souvent cette lettre [i] lorsqu'elle est employée en tant que voyelle, mais le Υ semble plutôt dérivé du upsilon grec. En allemand la lettre est bien appelée upsilon et se prononce en général [y] (comme la lettre u en français).
Qu'est-ce qui peut expliquer cette appellation en français ? La prononciation aurait changé et le nom de la lettre aurait suivi ? L'appellation qui en résulte n'est-elle pas incohérente ?
Comme le note Grevisse, le upsilon des Grecs était transcrit par un i en Latin, tout simplement. Les Romains appelaient la lettre (qu’on retrouvait, par exemple et par analogie avec le Grec, dans la graphie alternative sylva) I graeca, d'où le nom moderne.
De mémoire. Le upsilon grec a été importé deux fois dans l'alphabet latin, une fois comme u et une fois comme y (et le u s'est séparé du v vers le XVIIième siècle me semble-t'il). La forme y n'était utilisée que pour des mots empruntés et, au moins dans certains cas, déjà prononcée /i/. Je n'ai aucune idée de comment les Grecs la prononçait, ni même si cette prononciation était unique (dans l'écriture, dans le temps et dans l'espace — les dialectes variaient aussi dans la prononciation).
