Vous pouvez utiliser les deux - mais la forme (avec ou sans la virgule):
"C'est quoi, qui fait ce bruit?"
est très familière, voire presque "vulgaire". De plus, l'effet sonore est moins heureux que:
Qu'est-ce qui fait ce bruit?"
Il se peut qu'une forme:
Que fait ce bruit?
au sens de quelle est la source de ce bruit
ait existé dans le passé, mais si c'est cas, plus personne ne l'utilise de nos jours. Aussi, de nos jours, cette tournure serait comprise comme: quelle est la conséquence de ce bruit
- donc attention au glissement de sens. On peut rencontrer, rarement:
Quoi donc me retient auprès d'elle?
Mais cette tournure est en passe de devenir complètement périmée, à mon avis: si on demande à un Français aujourd’hui si c’est correct, la réponse est plus souvent “non” ou "je ne sais pas" que “oui". Curieusement, cette tournure peut sonner précieuse (“Quoi donc me retient auprès d'elle?” ou peut-être “vulgaire” (“Quoi donc que tu verrais en plus?”), ceci étant un jugement de style qui n’engage que moi (ces empilements de sons "qu" sont maladroits).
Notons aussi que la virgule dans "C'est quoi, qui fait ce bruit?"
n'est pas très heureuse. En effet, on pourrait comprendre:
C'est quoi? Qui fait ce bruit?
ou bien:
C'est quoi qui fait ce bruit?
La deuxième forme étant dans un registre de language moins soutenu que la première (et les sens sont aussi différents, bien entendu).
On peut effectivement utiliser Qu'est-ce qui <fait quelque chose>
dans d'autres situations, par exemple:
Qu'est-ce qui fait voler les avions?
Qu'est-ce que mangent les écureuils? (mieux: Que mangent les écureuils?)
Qui est-ce qui a gagné les élections? (mieux: Qui a gagné les élections?)
Qu'est-ce qui se passe là-bas?
Qu'est-ce qu'il a dit à la réunion? (mieux: Qu'a-t'il dit à la réunion?)
Mais utiliser une formule "courte" comme:
C'est quoi qui fait voler les avions?
ne serait pas acceptable à l'écrit, serait pour le moins maladroit, et serait à mon avis corrigé à l'école primaire, en principe (modulo le fait que la langue se dégrade/change tous les jours)