La convention d'écriture pour /lingɥistə/, [lɛ̃gɥist], « linguiste », est effectivement étrange mais pas totalement isolée. /egɥijə/, [egɥij], « aiguille » et /ingɥinal/, [ɛ̃gɥinal], « inguinal » déjà cités en commentaires ainsi que /ungɥiz/, [ɔ̃gɥi] « unguis » d'après le TLFi utilisent cette même convention (contrairement à /angijə/, [ɑ̃gij], « anguille »). Pour /gɥijanə/, [gɥijan], la convention est différente, sans doute à cause de la voyelle qui suit : « Guyane ».
Avec les conventions graphiques du français, il y aurait une place pour un contraste entre /gi/ et /gɥi/ avec « gui » vs « guï » :
ambiguïté, contiguïté, exiguïté
Mais cette option n'a pas été choisie pour ces exceptions (qui se sont étendues récemment au Kinder Pingui).
Il y a une difficulté sous-jacente à la question posée. En général, la lecture consiste à reconnaître un mot existant qui possède déjà sa prononciation propre. Ce problème est bien plus marqué avec les toponymes où la même orthographe conduit à des prononciations différentes suivant les régions.