Y may retain its original meaning as an adverb, with the sense of there but its position is always of an object pronoun.
Sachant que vous y seriez. Knowing that you would be there.
Paul y a été envoyé. Paul was sent there.
As a pronoun, y represents a thing or things in the Dative or governed by the prepositions à, en, dans. Hence:
On entendait les ordres, mais on n'y obéissait (i.e. les ordres) plus. (obéir à qqch)
La maison n'était pas loin. Elle y a couru.
Je n'ai pas confiance en ces choses. Je n'y ai aucune confiance.
Il pensait à sa thèse. Il y pensait sans cesse.
Il est impossible de pénétrer dans le château. Il est impossible d'y
pénétrer.
Y may be used impersonally, referring to a clause or idea.
S'il gardait le silence, c'est qu'il y était obligé. (Musset)
EDIT Initially, I haven't answered directly your question. So I add this as an "appendix".
Thus in your case:
"Nous allons visiter le musée" => Nous allons le visiter.
Le replaces here le musée.
On the contrary,
Nous sommes au musée (à+le) => Nous y sommes (meaning we are there).
For y to replace a noun, the noun must come with a preposition (au musée here).
Similarly,
Nous irons au musée. => Nous y irons.
References:
H. Ferrar: A French Reference Grammar, p. 202.
M. Offold: A Student Grammar of French, p. 184.
EDIT 2 The expression Je n'y confiance (où y remplace en) is not encountered anymore in French. See the discussion here y et avoir confiance en