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Je sais que certains préfixes comme philo-, physio-, phon(é-o)-, et certains suffixes comme -graphe, -graphie, -sphère, -phone (par exemple) s'écrivent avec ph et pas f.

Cependant quelles sont les règles qui dictent la graphie des mots tels que :

dauphin (et pas daufin) et nénuphar (et pas nénufar)

?

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Pour approfondir la réponse de user17348, le phonème /f/ fait appel en grec à la lettre Phi Φ qui, on le voit dans son nom, est écrit ph- dans sa forme latinisée ; il utilise en revanche en latin la lettre F. Ainsi, F et PH forment tous deux le son /f/ mais les mots latins « natifs » utilisent la lettre F tandis que les mots grecs ou importés du grec utilisent le digraphe PH, ce qui permet de distinguer leur origine.

Il n'existe toutefois pas de « règle » permettant de savoir lequel utiliser si l'on ne connaît pas le mot au préalable.

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Les mots d'origine grecque s'écrivent avec un -ph

Dauphin vient ainsi du latin "delphinus", qui est lui-même un emprunt au grec

Nénufar s'écrit indifféremment avec un -f ou un -ph, mais vu qu'il s'agit d'un mot arabe le -f est plus logique. Toutefois la graphie -ph, apparue en 1935 pour rapprocher la graphie du mot de "nymphéa" reste courante.

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