Il est question de toute une gamme d'usages et une réponse suffisamment détaillée ne peut être que très longue, voir « en » et « dans ». La présente réponse n'abordera que quelques questions et pas toutes les plus importantes.
On peut néanmoins donner tout d'abord une caractérisation générale.
Premièrement, il existe une tendance à utiliser « dans » pour des relation de contenance basique (de l'eau dans le vase, du sucre dans l'eau, du carbone dans le sucre) et « en » lorsque la relation de contenance n'est pas si explicite ou pas l'idée dominante (en été (dans ce temps de l'année correspondant à l'été), de l'eau en bouteilles de 2l) ; cependant il ne s'agit que d'une tendance.
- de l'eau dans des récipients ( « de l'eau en récipients » ne se trouve pas ou doit être très rare)
Secondement, « en » s'utilise
- pour des relations qui se situent strictement au niveau de la manière (bien qu'occasionnellement elles soient voisines du moyen), de la matière
- pour la formation de locutions.
TLFi
1. Loc. adv. et prépositives
a) En + adv.
Loc. de lieu En deçà (de), en dessous (de), en dedans (de), en dehors (de), en travers (de)
Loc. de manière. En trop, en plus (de).
Loc. adv. de liaison. En outre. Le médecin légiste, qui dirigeait en outre un service à l'hôpital municipal
b) En + subst.
Loc. de lieu. En face, en bas, en haut. la maison d'en face ; Tout vient d'en-haut!
Loc. de manière. En foule, en cachette. Il monte en tapinois l'escalier _ Pierres en vrac.
Loc. adv. de liaison. En fait, en effet, en conséquence, en réalité, en revanche. En quelque sorte. Ce grotesque quelqu'un en l'occurrence le personnage ci-dessus décrit?
c) En + adj.
Loc. de lieu. En long, en large. On me l'a expliqué en long et en large à la maison.
Loc. de manière. En gros, en général, en douce, en clair, en vain, en bref. On devrait tâcher de le descendre en douce. Agir en secret.
Loc. adv. de liaison. En particulier, en définitive.
2. Loc. conj. En ce que, en attendant que, en cas que, en sorte que.
3. Loc. verbales. Consister en, croire en, espérer en, traiter en.
4. Mots composés. En-tête, en-cas, boute-en-train, monte-en-l'air, croc-en-jambe.
- manière en chantant, en vert, en pointillé, …
- matière en fer, en buis, en plastique, …
Troisièmement, on peut dire qu'avec « dans » on utilise les articles alors qu'avec « en » on les utilise moins.
Quatrièmement, « en » est utilisé pour les contenances ou états « fonctionnels » ou situations qui impliquent des routines spéciales (en caisse, en boite, en pot, en travail, en classe, en terminale, en colère, en l'état (aussi, synonyme, dans l'état que c'est), en état … )
Par exemple on dit « en ville », « en montagne », mais « à la campagne » et « aux champs » ou « dans la campagne » et « dans les champs ».
Voici un exemple de ce qui est suggéré.
Il avait en tête/dans la tête toute la section du catalogue qui traite des ustensiles de camping.
Il s'agit ici de la préservation systématique d'information dans la mémoire.
Le surveillant avait dans la tête/dans l'idée/en tête de punir cet élève depuis longtemps déjà.
Il n'est plus question de préservation mais simplement de se rappeler, d'avoir présent à l'esprit (« Le siège abstrait ou concret d'une sensation, d'une pensée » nous dit le TLFi).
Cet autre exemple ne permet plus aucune caractérisation de différence, il n'est plus question que d'usage ;
- (TLFi) Dans le fond, dans l'ensemble [[sens]] Si on se place au point de vue du fond, de l'ensemble. Synon. en gros, en général
-------------------------------------------------- Certains cas d'usage---------------------------------------------------
Villes : dans Düsseldorf, dans Turin, dans Limoges, … (vieux ou provençal) : en Arles, en Avignon, …
Noms de pays lorsque ils sont accompagnés d'une épithète ou d'un complément : dans la France de ce temps-là, dans l'Allemagne dévastée, dans la Russie impériale,…
Noms de pays non modifiés : en France, en Autriche, en Finlande, …
Noms de régions : parfois « en », parfois « dans » _ en Provence, en Auvergne, en Bretagne, en lorraine, en Guyenne, en Picardie, … dans le Massif Central, dans le Roussillon, dans les Causses, dans les Cévennes, …
Périodes
- années (« en » pour une année donnée) : en 1995, en l'an 10, en l'année (*souvent lorsque suivi du numéro de l'année), mais aussi dans l'année (souvent lorsque suivi d'un complément) (ngram)
(« dans » pour une période longue d'un an ou plus) « Dans deux ans/deux années » => le point dans le temps qui se trouve après qu'une période de deux ans est passée
mois : en mai, en septembre, … cependant dans le mois de mai (ou au mois de mai)
semaine : les deux sont utilisés avec des sens différents. en semaine => pendant les jours normalement consacrés au travail (TLFi); dans la semaine => dans les limites du temps de la semaine en train de passer ; en une semaine => dans le temps qui correspond à celui d'une semaine entière ; dans une semaine => après que le temps qui correspond à celui d'une semaine entière se sera écoulé.
instant Dans un instant => un point dans le temps situé immédiatement après la durée de temps que prend un instant ; en un instant => la durée de temps que prend un instant.
siècles : on dit « au XXe siècle » ou « dans le siècle » (ngram)
On ne touve pas « en le siècle » mais on trouve en abondance « en un siècle » suivi d'un complémént (ngram)
5.Auteurs et leurs œuvres (TLFi) [Devant des noms propres d'écrivains, d'artistes, lorsqu'on envisage la personne même et non son œuvre[, laquelle est] exprimée par « dans »]
- (TLFi) Ce n'est nullement la drôlerie qui me ravit en Molière, mais bien la langue, admirable entre toutes.
- Cela peut se lire dans Gides.
6.États d'esprit
en ou dans en liesse/dans la liesse, en joie/dans la joie, en folie/dans la folie, en colère/dans la colère, …
Pour certains états d'esprit, « en » n'est pas utilisé et seulement « dans » l'est ; dans le bonheur, dans le malheur, dans la surprise, dans la déception …
presque seulement dans lorsque ces états d'esprit sont attribués au moyen d'un possessif ; dans sa liesse, dans leur joie, dans leur bonheur,