« Le nom abyme [Du latin chrétien abyssus] ne prend un y que dans la locution en abyme, autrement il s'écrit abîme » (GDT). On doit la locution « mettre en abyme » à André Gide dans son Journal de 1893 et la locution « mise en abyme » apparaît formellement en 1950 grace à Claude-Edmonde Magny dans son Histoire du roman français depuis 1918 (Wikipédia). Au TLFi on a des explications d'une richesse inouïe pour le mot abîme, dont celles-ci (voir aussi Le Bon Usage, §96(a)1º où l'on apprend entre autres que le y de may et roy n'est remplacé par i par l'Académie qu'en 1740) :
Graphie y et i. Dès l'entrée du mot dans la langue, la graphie étymologique avec y est concurrencée par des formes en i en raison de la confusion qui régnait entre ces graphies. En effet, dès le xiies., y était introduit par les copistes à la place de l'i dans les noms propres et dans les mots de physionomie étrangère (cf. Beaul. t. 1 1927, p. 51). A partir du xiiies., l'y fut utilisé comme « litera legibilior » à la place de i voyelle. « A la fin du xiiie s. l'abus de l'y à toutes les places du mot était fort répandu, et dans les régions les plus diverses de la langue d'oïl. » (Beaul. t. 1, pp. 163-165). Cet abus n'a cessé de s'accentuer (cf. Beaul. t. 1, pp. 271-276). Ronsard recommande le remplacement de l'y grec dans abisme, cigne, Nimphe, etc., par « l'i françois pour monstrer qu'ils sont nostres, et non plus incogneus estrangers; ... » (Opinions de Ronsard sur l'orthographe étymologique en tête de l'Abrégé de l'Art poétique ds Didot 1868, p. 122). Rich. 1680 supprime l'y dans abîme, mais Fur. 1690, Ac. 1694 à 1762, le maintiennent ainsi que Trév. 1752 et 1771. Ce n'est qu'à partir de Ac. 1798 que i l'emporte définitivement et Littré note encore : « On n'écrit plus abyme, malgré l'étymologie ». (Pour la suppression et le rétablissement de l'y grec dans les différentes éd. d'Ac., cf. Didot, p. 85).
[ Trésor informatisé de la langue française (TLFi), abîme (section prononciation et orthographe) ]
Est-on capable de donner un ordre de grandeur du nombre de mots contenant un i plutôt qu'un y qui ont été soit « nationalisés » (désignant ce que Ronsard explique) ou orthographiés « erronément » (par confusion), contrairement à leur graphie étymologique ?
De ce nombre, sait-on quelle proportion aurait fait l'objet d'un rajustement orthographique compatible avec l'étymologie et qui constitue l'orthographe courante du mot, comme avec la locution (mise) en abyme ?
Incidemment, par curiosité, est-on capable de produire le passage exact de l'ouvrage Histoire du roman français depuis 1918 qui contient la locution « mise en abyme » si la locution apparaît ailleurs qu'uniquement dans l'intitulé du chapitre « La "mise en abyme" ou le chiffre de la transcendance. » ?