Il existe de nombreux cas d'utilisation de cette forme dans la littérature et elle est courante dans la langue parlée mais personnellement, je ne la considère pas logique, c'est à dire que je ne devrais normalement l'employer en aucun cas ; « une heure » indique seulement deux choses, un point dans le temps comme une heure de l'après-midi ou du matin et secondement une durée d'une heure. Il ne fait aucun doute que dans tous ces usages, en particulier les quatre dans la question, il ne s'agit que de la durée de temps.
L'usage est amplement décrit dans le TLFi à la Section I. B. 2. b) ;
[Pour exprimer une durée inachevée au moment de la parole ou au temps de la narration] Synon. il y a... (que), voilà... (que), cela fait... (que) (la question corresp. est depuis combien de temps?).
Depuis + indication chronol. de durée, du laps de temps écoulé.
le sens général ne prend cependant pas en compte cet usage, ce qui montre que ce n'est qu'une anomalie (à éviter) un sens qui va à contre courant ; ce contre-sens produit une impression désagréable.
(TLFi) À partir du moment indiqué ou suggéré par le contexte, depuis ce temps-là; ensuite, par la suite.
On ne peut pas considérer « une heure » et d'autres notions de temps-durée comme « dix ans », « trois mois » et ainsi de suite, comme des expressions d'un point dans le temps pour servir de référence de départ.
Ci-dessous des possibilités correctes de remplacement pour deux des phrases trouvées dans la question
Il y avait une bonne heure que j'étais assis sur un banc.
Ça faisait une bonne heure que j'étais assis sur un banc.
Il aurait déjà dû arriver il y a une bonne heure.
Ça faisait déjà une bonne heure qu'il aurait dû arriver.