Cette phrase me semble correcte. Je pense que la phrase est composée d'une proposition subordonnée.
Après plus ample réflexion, je pense qu'il faut employer un complément d'objet après le verbe fuire.
Des personnes fuient les assaillants, ne sachant que faire.
« ne sachant que faire » pourrait être perçue comme une proposition participiale ayant une fonction de complément circonstanciel de but : les personnes ne savent pas que faire pour contrer les assaillants ou pour se protéger. Cette construction pourrait aussi être perçue comme une locution ayant une fonction adjectivale : les personnes sont démunies ou désorientées par rapport à ce qui leur arrivent ; leur état étant la conséquence de ce qui se produit.
Au niveau du style, je pense au contraire que la position en fin de phrase de la proposition participiale et l'usage du participe présent dynamise le récit. On peut s'imaginer des gens paniqués courant en tous sens ou des groupes de personnes fuyant le danger, démunis.
REF. Trésor informatisé de la langue française
1. Ne savoir que faire, quoi faire. Être indécis; être désemparé.
2. Ne savoir que faire, qu'inventer pour + inf. Avoir déployé toutes les ressources pour réussir une entreprise délicate.