DISCLAIMER: I misunderstood the question and the following answer is an explanation about the second "ne" in: "ce qui n'empêche qu'il ne soit chez lui ici".
It is actually a "ne explétif" (full article explaining its use):
Son emploi ne modifie pas la phrase positive en une phrase négative.
EN: its usage does not turn the positive sentence into a negative sentence.
This kind of "ne" can be used in many cases, one of which being this specific case:
La phrase principale est positive ou négative, et contient un verbe exprimant l’évitement, l’empêchement, la défense, la précaution (tel que : empêcher, éviter, prendre garde). Marivaux s’exprime de la sorte [...] : « Tout ce que je dis là n’empêche pas qu’il n’y ait de jolies choses dans votre livre… »
EN: The main sentence is positive or negative, and contains a verb expressing avoidance, defense or caution. Marivaux uses it the following way: « Tout ce que je dis là n’empêche pas qu’il n’y ait de jolies choses dans votre livre… »
The full quote from Michel Serre is the following:
Tout le monde vient d'ailleurs, ce qui n'empêche qu'il ne soit chez lui ici. Il n'y a pas d'étrangers et nous le sommes tous. Ici est partout, il n'y a que des ici.
Rough English translation: Everyone comes from another place, which does not prevent anyone from being home here. There are no foreigners and we are all foreigners. Here is everywhere, and everywhere is here.
He is trying to express the idea that we are all foreigners compared to someone else, and therefore there is no such thing as "a foreign place". That's why whatever the origin, everyone is at home anywhere.