Ce n'est pas une exception. Il y a plusieurs manières d'utiliser le verbe penser. Si on le construit sous la forme « penser à quelque chose », le pronom correspondant est « y penser ». Si on le construit sous la forme « penser quelque chose de quelque chose », les pronoms correspondants sont « en penser quoi ».
« Penser à quelque chose » signifie avoir un sujet en tête.
Je pense à mes examens. J'y pense.
« Penser à quelque chose » peut aussi vouloir dire s'en souvenir.
J'ai pensé à fermer la porte. J'y ai pensé.
« Penser quelque chose d'un sujet » signifie avoir une opinion sur le sujet. C'est le cas dans « t'en penses quoi ? ».
Que penses-tu du film que nous avons vu hier ? Qu'en penses-tu ? (registre soutenu)
Tu penses quoi du film qu'on a vu hier ? T'en penses quoi ? (registre familier)
Avec cette construction, il est assez rare d'avoir à la fois les deux compléments sous une forme longue. Dans la question ci-dessus, on précise « du film … » parce que sinon on ne saurait pas à quoi la question s'applique : « que/quoi » n'apporte pas assez d'information. En général, si l'opinion est exprimée, on n'a pas besoin de dire séparément à quel sujet elle s'applique.
Je pense que le scénario était intéressant, mais le film était trop long.
On n'a pas besoin de rappeler « je pense du film ». « Je pense du film qu'il était trop long » est correct, mais un peu maladroit. Si on a besoin de préciser qu'on donne son opinion sur le film, on dirait normalement « Je pense que le film était trop long ». Toutefois, dans une réponse à une question comme « que penses-tu du film », il est assez fréquent d'utiliser le pronom « en », même s'il ne change pas le sens. C'est une forme d'emphase modérée.
Je pense qu'il était trop long.
J'en pense qu'il était trop long.