Both are used but c'est là que is more common and often preferred by grammarians.
BDL:
On observe que lorsque là a un sens spatial, c’est là où est parfois utilisé à la place de c’est là que. Cet emploi est condamné par plusieurs grammairiens qui le qualifient de familier, voire de pléonastique, alors que d’autres l’analysent comme un archaïsme. C’est pourquoi on préférera l’emploi de c’est là que.
C'est ... que is a way to emphasize a sentence. For example:
J'ai commencé à travailler à Marseille.
can be emphasized this way:
C'est à Marseille que j'ai commencé à travailler.
When the emphasized part is the subject, qui is used instead of que.
La Terre tourne autour du Soleil.
C'est la Terre qui tourne autour du Soleil.