C'est un type de tournure très courant. Le couple verbe + gérondif marque la simultanéité d'une action principale et d'une action secondaire qui vient préciser une circonstance. Par exemple :
Il parle en dormant.
Il téléphone en conduisant.
Il s'essouffle en montant les escaliers.
Dans la phrase de la question, qui va en s'aggravant combine donc le verbe aller, qui signifie ici évoluer, et le verbe aggraver : Le problème migratoire évolue année après année et cette évolution va dans le mauvais sens.
La phrase « le problème qui va en faisant débat » n'est pas du tout naturelle. Le verbe aller est normalement associé à un verbe indiquant une évolution, mais faire débat ne correspond pas à ce modèle.
Les gérondifs que l'on trouve le plus souvent associés à qui va en sont augmentant, s'élargissant, s'accentuant, diminuant, montant, croissant, décroissant...
S'il fallait conserver ce gérondif, on pourrait dire par exemple :
Le problème qui nous dérange en faisant débat.