A common way to say it colloquially:
Le programme (se) plante à la ligne 44.
Se plante is similar to "crashes* here.
TLFi Planter
II. - B. - [Le sujet désigne une personne] Emploi absolu, familier. Heurter brutalement un obstacle et, en particulier, avoir un grave accident (en voiture, en moto, en avion). Se planter à l'atterrissage. Elle se fait engager comme coursier moto. Un jour, elle se plante et se relève avec une triple fracture du crâne et un sérieux traumatisme (Le Nouvel Observateur, 16 févr. 1976, p.39, col. 2).
− Au figuré Se tromper grossièrement, échouer. Se planter dans ses prévisions. Je me suis planté à l'ENA (Le Point, 3 oct. 1977, p.104, col. 3). Laissez tout ça (...). «La gauche s'est plantée, point final» (Le Point, 3 oct. 1977, p.105, col. 3).
We talk about plantage in this case.
The non-pronominal form (le programme plante) is becoming mainstream. See the OQLF
If the programs doesn't crash but still generates error messages, in addition to what Alexis wrote you might also say :
Le programme a sorti une erreur ligne 44.
Le programme a remonté une erreur ligne 44.
Le programme a beugué/bogué/buggé/bugué ligne 44.