Avec être sûr, une forme affirmative entraîne l'indicatif alors qu'une forme négative entraîne normalement le subjonctif. Au présent :
Je suis sûre qu'il est là.
Je ne suis pas sûre qu'il soit là.
L'indicatif serait assez relâché mais s'entend cependant assez souvent :
Je ne suis pas sûre qu'il est là.
Voir La Grande grammaire du français, Anne Abeillé, Danièle Godard, pour plus de détails.
Au passé, la concordance des temps imposerait l'imparfait du subjonctif dans la subordonnée :
Je ne suis pas sûre qu'il fût là.
mais plus personne ne s'exprime comme ça à l'oral.
En langage soutenu, ce serait :
Je ne suis pas sûre qu'il ait été là.
et en langage courant :
Je ne suis pas sûre qu'il était là.
Il n'est d'ailleurs pas exclu que le subjonctif ait été utilisé mais soit passé inaperçu par fusion des deux /e/ successifs (ait é-).
Dans la deuxième phrase, la subordonnée est au futur, temps qui contient par nature toujours une part hypothétique. Il n'existe d'ailleurs pas de subjonctif futur donc l'indicatif est utilisé.
Je ne pense pas que je le verrai demain.
On aurait pu aussi utiliser l'infinitif car les deux sujets sont identiques :
Je ne pense pas le voir demain.
Au présent on aurait bien une alternance indicatif/subjonctif :
Je pense que je le vois/prends.
Je ne pense pas que je le voie/prenne.
mais l'indicatif est aussi possible :
Je ne pense pas que je le vois/prends.
ainsi que l'infinitif, probablement beaucoup plus courant :
Je ne pense pas le voir/prendre.