Aucun dictionnaire ne semble en effet indiquer un usage substantif de flanquée.
J'y vois une dérivation du verbe populaire flanquer, qui signifie Jeter, envoyer, mettre brutalement ou brusquement quelqu'un ou quelque chose quelque part d'où par exemple flanquer des gifles évoluant en une flanquée de gifles.
Saddam Hussein s'est pris une flanquée de bombes pour des raisons aussi surréalistes que celles pour lesquelles l'OTAN a bombardé la Yougoslavie.
On retrouve un peu le même phénomène avec bordée (une bordée de jurons, de coups, etc.) et on peut observer que bord et flanc sont sémantiquement proches.
Une flopée d'autres synonymes de beaucoup/grand nombre sont construits suivant ce modèle :
Une palanquée, volée, flopée, tripotée, (tétra/méga)chiée, tapée, bardée, trifouillée, pelletée, et les rares ou oubliés tinée, tirée, pétée, potée, secouée, suée, trolée/trâlee1, chariotée, ...
Une volée de coups de poing.
La proximité phonétique de flanquée avec palanquée, signalée dans la question, a peut-être aussi joué un rôle dans la genèse de ce mot.
Sans que ce soit contradictoire avec la première hypothèse, on peut aussi considérer que flanquée est une dérivation du mot flanc, le suffixe -ée indiquant alors une quantité, un contenu, une valeur comme dans poing → poignée, bouche → bouchée, jour → journée et donc flanc → flanquée.
La première apparition de flanquée comme substantif date de 1753 et suit certainement ce modèle. Elle est rapportée en 1874 dans la Revue des deux mondes qui cite une lettre de Montesquieu reprise en 1924 dans Le chevalier d'Aydie et mademoiselle Aïssé, Emile Dusolier :

1 Encore courant au Québec.