Il s'agit d'un cas d'emphase, le pronom démonstratif vient centrer et accentuer l'interrogation partielle, qui questionne la manière dont se fera l'action (marcher) via l'adverbe "comment", sur un autre élément :
Comment [ça] marche [la répétition espacée] ?
Les éléments (ça) et (la répétition espacée) partagent la même fonction grammaticale, celle de sujet du verbe (marcher). Pour répondre à vos questions : Oui, les deux constructions sont correctes, la différence réside seulement sur le plan communicatif comme expliqué plus haut, ainsi, on pourrait écrire votre phrase de différentes manières :
- Comment ça marche, la répétition espacée ? (Cas d'emphase)
- Ça marche comment, la répétition espacée ? (Cas d'emphase)
- La répétition espacée, ça marche comment ? (Cas d'emphase)
- La répétition espacée, comment ça marche ? (Cas d'emphase)
- Comment marche la répétition espacée ? (Phrase neutre)
- Comment la répétition espacée marche ? (Phrase neutre)
- Comment ça marche ? (Phrase neutre)
- ...
Remarque : J'entends par "neutre" l'absence d'emphase ou d'accentuation d'un des éléments de la phrase.