L'étymologie semble la même, et les sens ne sont guère différents. Les genres de beaucoup de mots n'étaient pas bien fixés à l'époque classique (disons : entre la création de l'Académie et la Révolution), malgré le principe académique qu'ils devaient être conformes à l'étymologie (et pour les neutres latins ou grecs, comment choisir ?). En fait, pour un certain nombre, ils ont vu leur genre dévier selon leur apparence, par exemple pour des mots masculins en -ée qui les a rendus finalement féminins. Certains sont encore étranges (après-midi, orgue, etc.).
Cela n'explique pas la scission des genres de hymne, dont j'ignore les motifs et l'époque.