Il s'agit d'une question que je me suis toujours posée.
En effet de rien (littéralement from nothing) n'a, dans ce contexte, que très peu de sens.
D'ailleurs dans certaines régions de France, le retour d'un merci peut même être un beau « s'il vous plaît » (littéralement « as it pleases you ») qui semble beaucoup plus courtois et prend même tout son sens.
Plus poliment, on entendra parfois un « je vous en prie » ou « avec plaisir » qui ont également plus de sens que ce bien vide « de rien ».
Alors d'où vient-il ?