Je suppose que le changement est le plus souvent, sinon toujours, fondé sur la racine latine ou grecque lorsque il n'est pas dicté par la fin de l'infinitif du verbe ; dans le cas de « naitre » le « qu » est la restitution du « c » dans le latin « nascere ». 

[Littré][1] Bourg. nâtre ; provenç. nascer, naisser : cat. naixer ; esp. nacer ; port. nascer, nacer ; ital. nascere ; du bas-lat. nascere, dérivé de nasci.

[1]: https://www.littre.org/definition/naître


D'après [Wikipédia][2] il n'y aurait pas un grand nombre d'exceptions

[2]: https://fr.wikipedia.org/wiki/Pass%C3%A9_simple_en_fran%C3%A7ais

Le passé simple se forme principalement selon trois cas :

Cas principaux ⇒ Forme induite au passé simple 

participe passé en -é   ⇒ passé simple en -a  <br>
participe passé en -i    ⇒ passé simple en -i  <br>
(passé simple aussi en -i) participe passé en -ert + verbes en -dre (sauf -oudre)  + faire + voir + battre + vaincre + vêtir + coudre<br>
participe passé en -u  mourir  ⇒ passé simple en -u  

Cas particuliers : avoir, être, tenir/venir (et dérivés), naître.