À la base la présence de *en* dans *en avoir marre* s'explique parce que cette locution (apparue au XIX<sup>e</sup>s.) est une des nombreuses expressions<sup>1</sup> calquées sur ***en avoir assez***, moins familière et plus ancienne (XII-XIII<sup>e</sup> s.). 

Donc pour en savoir plus sur ce *en* on peut se pencher sur les ouvrages de grammaire en cherchant à *en avoir assez*. Tout en sachant que ceci n'est ni spécifique à *en avoir assez* (et ses calques), ni même à *en*.


 *En* (et *y*) sont des pronoms dits « faibles» dont la valeur sémantique est très imprécise. Consultons deux ouvrages de grammaire.

***Le bon usage*** (§ 503, 10<sup>e</sup> édition) :
> *en* et *y* ont une **valeur très imprécise**<sup>2</sup>, tantôt vaguement pronominale, tantôt vaguement adverbiale, dans un grand nombre d'expressions telles que : *s'en aller, s'en venir, s'en faire, s'en tirer, en vouloir à quelqu'un, s'en tenir à quelque chose, il en est ainsi, en avoir assez*, etc... 



***La grande grammaire du français*** (p.1012) :    
>  Les [proformes][1] faibles figées :     
 Les proformes faibles figées sont obligatoires et ne remplacent pas un sujet ou un complément. Elles ne sont pas référentielles et ne s'interprétent que comme une partie d'une expression figée (*en avoir assez, en venir aux mains, en voire des vertes et des pas mûres*). Dans certains cas le verbe admet aussi un complément qui n'est pas figé : *en avoir assez (de)*,  *s'y connaitre (en)* etc. (Paul s'y connait en architecture. // Paul en a assez de cette histoire. // Ils en sont venus aux mains.)
 


______________
<sup><sup>1</sup> Je ne citerai que : *en avoir marre, en avoir ras le bol, en avoir sa dose, en avoir sa claque, en avoir ras la casquette*, etc., je dois en oublier.      
<sup>2</sup> C'est moi qui souligne.</sup> 


  [1]: https://fr.wiktionary.org/wiki/proforme