> Est-ce que fils de pute et enculé ont le même sens ici ?

Leur sens littéral importe peu. Ce sont toutes deux des insultes crues et violentes.

> L'un de ces termes constitue-t-il une atténuation, un euphémisme de l'autre ; 

Non.

> Pourquoi aurait-on choisi le premier plutôt que le second ici ?

Parce que, comme *motherfucker* avec **mf** et contrairement au second, le premier dispose d'une abréviation connue très facilement identifiable **fdp**. Cette abréviation atténue aussi la grossièreté de l'expression. Une autre abréviation connue et dans le même esprit que *mf* est **ntm**. Elle est cependant probablement trop associée au [groupe de rap de même nom][1].

> Accessoirement, comprend-on généralement enculé comme signifiant enculé de ta mère ?

Pas spécialement. *De ta mère* sert ici à intensifier l'insulte, comme aurait pu le faire aussi *de ta race* ou *de tes morts*. Ces suffixes « poétiques » certainement créés sous l'influence de l'arabe, en particulier *[nardinamouk][2]* (maudite soit la religion de ta mère) sont arrivées en français d'abord via les Français d'Afrique du nord (Pieds-noirs), puis par les populations immigrées provenant du Maghreb. NTM vient d'ailleurs aussi probablement de l'arabe : *nicoumouk*.


  [1]: https://fr.wikipedia.org/wiki/Supr%C3%AAme_NTM
  [2]: https://fr.wiktionary.org/wiki/nardinamouk