D'après le *Dictionnaire historique de la langue française* :

« Par analogie avec le cri de l'oiseau, « coucou » est employé comme onomatopée (1660) pour le cri des enfants jouant à cache-cache et, de là, pour le cri manifestant une présence inattendue (1887). »

Coucou pour désigner une horloge dont la sonnerie est remplacé par un oiseau imitant le cri du coucou est apparu en 1832, c'est donc postérieur à l'emploi du mot dans les jeux d'enfants.