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Ils ont passé de bonnes vacances bien qu'il pleuve.
Possible mais n'a pas vraiment de sens. Il pleut aujourd'hui alors que leurs vacances sont terminées.
Ils ont passé de bonnes vacances bien qu'il ait plu (tous les jours).
On rapporte des faits achevés. On sait que ces vacances sont terminées. Le subjonctif passé s'impose ici.
Ils passaient de bonnes ...
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