La différence est due à la prononciation. L'étymologie veut qu'on le prononce avec un "o" fermé, et généralement, sur la dernière syllabe du mot, on met un accent circonflexe pour indiquer cette prononciation (dôme, Rhône, geôle, ...). Sinon, on le prononce plutôt(1) avec un "o" ouvert (tome, trombone, fiole, ...).
Cependant, ça ne concerne que la dernière voyellesyllabe. Quand le "o" est au milieu du mot comme dans "polynomial" ou "binomial", le "o" est quasiment toujours fermé. On n'a donc pas besoin d'un accent circonflexe.
(1) C'est assez variable. Quand il y a une consonne seule non accentuée, les deux sont possibles, selon les mots et parfois selon les accents régionaux. Sur certains mots on peut même entendre les deux prononciations. Voici la règle :
- Quand on a un accent circonflexe, on a forcément un "o" fermé : symptôme, tôle, rôle, ...
- Quand on a une voyelle double, on a quasiment toujours un "o" ouvert : consonne, molle, homme, développe, botte, ...
- Quand on a une voyelle simple et pas d'accent sur le "o", selon les consonnes les deux peuvent être possibles. tome/atome, carbone/zone, ... Pour certaines consonnes on n'a que le "o" ouvert, comme avec les mots en "-ore" ou en "-ope".