Naviguer et fatiguer, etc. viennent respectivement du latin navigo (-are, -avi, -atum) et fatigo (-are, -avi, -atum), etc. : tous deux des infinitifs en -are. L'adjectif correspondant provident du suffixe -bilis ajouté à la racine contenant un a (navigabilis est attesté, fatigabilis aussi au moins en latin tardif). Ce suffix s'est contracté en français moderne en -a- + -ble.

Distinguer vient du latin distinguo (-ere, distinxi, distinctum). Un adjectif correspondant est construit sur le radical du supin, c'est une formation savante. L'adjectif distinguable n'est apparu que sur le tard, alors que le français n'était déjà plus du bas latin depuis bien longtemps. Il a donc été construit à partir du verbe distinguer et non d'un adjectif remontant à une époque précédant la graphie -gu- pour marquer le G dur.

Note que l'on trouve l'orthographe distingable même si distinguable est beaucoup plus courant.

Pour d'autres adjectifs rares ou récents sur le même modèle, on trouve les deux orthographes : conjugable mais aussi quelques conjuguable (de conjugare), homologable et homologuable (de homologare), divulgable mais aussi quelques divulguable (de divulgare). Pour subjugable seule l'orthographe sans U se trouve.

Ceci n'explique pas complètement pourquoi le U est resté dans distinguable mais pas dans conjugable, subjugable, etc. Au vu des exemples que j'ai trouvé, il semblerait que le U est préféré seulement dans ce mot qui ne provient pas d'un verbe latin en -are, mais c'est peut-être une coïncidence.

Naviguer, fatiguer, etc. viennent respectivement du latin navigo (-are, -avi, -atum), fatigo (-are, -avi, -atum), etc. : tous des infinitifs en -gare. L'adjectif correspondant provident du suffixe -bilis ajouté à la racine contenant un a (navigabilis est attesté, fatigabilis aussi au moins en latin tardif). Ce suffixe s'est contracté en français moderne en -a- + -ble.

En français, on a ajouté un u lorsque cela était nécessaire pour prononcer le G dur. Le u est donc nécessaire dans le verbe à l'infinitif (et à beaucoup d'autres formes) ; on l'a étendu à toutes les formes du verbe. En revanche l'adjectif en -gable n'a pas eu besoin d'un u supplémentaire.

Distinguer vient du latin distinguo (-ere, distinxi, distinctum). Le u était déjà présent en latin, et n'a jamais disparu en français même si la prononciation le rendait superflu. Je ne trouve qu'un autre mot (hors imports) qui ait conservé -gua- : baguage (de bague au sens d'anneau — aucun rapport avec le bagage qui vient de l'ancien français bagues signifiant paquet (qui lui est peut-être apparenté)).

Pour d'autres adjectifs rares qui semblent dérivés directement du verbe et non d'un adjectif latin, l'orthographe -gable prédomine, mais on trouve aussi une minorité de -guable: conjugable mais aussi quelques conjuguable (de conjugare), homologable mais aussi quelques homologuable (de homologare), divulgable mais aussi quelques divulguable (de divulgare), etc. Je pense que c'est la proximité du verbe et qui incite à garder le u, même si les orthographes en u sont suffisamment minoritaires pour qu'on puisse les considérer comme incorrectes.