L'on existe parce que ce mot a été un nom commun (au sens d'"homme") avant de devenir un pronom. Bien que l'euphonie entre parfois en jeu,(1) ce n'est pas l'origine de cette consonne, qui ne peut pas être comparée, disons, au "ne explétif".
Grammaticalement et syntactiquement, il n'y a aucune règle précise et réellement fonctionnelle régissant son usage par rapport à on seul (Grevisse, Le Bon Usage, 14e éd., §754 f). Les auteurs l'emploie en variation libre (quoiqu'il s'agisse souvent d'un usage un peu plus relevé) selon leurs goûts.
(1) Les grammaires classiques recommandent souvent, pas nécessairement avec succès, d'écrire que l'on plutôt que qu'on à cause de l'homophone.