En français on emploie le superlatif dans les deux cas.
Mais il faut savoir qu'il y a un mot spécifique pour parler du plus jeune d'une fratrie (ce qui correspond à l'anglais youngest) ou de deux frères et soeurs (ce qui correspond à l'anglais younger): cadet/cadette. On dirait donc :
J'ai rencontré ses deux filles hier. La cadette est très jolie.
J'ai rencontré ses filles hier. La cadette est très jolie.
C'est bien sûr possible d'employer un superlatif :
J'ai rencontré ses deux filles hier. La plus jeune (Celle qui est la plus jeune) est très jolie.
J'ai rencontré ses filles hier. La plus jeune (Celle qui est la plus jeune) est très jolie.
Pas besoin d'en dire plus vu que ce qui précède explique de qui il s'agit.
En l'absence de précision de la première phrase, on pourrait dire :
La plus jeune de ses filles....
La plus jeune de ses deux filles/de toutes....
French has a specific noun to name the younger brother(s) or sister(s). Cadet (fem.: cadette) and it will often replace the superlative. But it's not compulsory to use it.
In the two examples you give in your question context is enough and makes it unnecessary to give further details and the superlative can be used in the same way in both second sentences of your examples.
Without context to be more specific you can say:
La plus jeune de ses filles....
La plus jeune de ses deux filles....