D'après le Dictionnaire historique de la langue française :
Par analogie avec le cri de l'oiseau, « coucou » est employé comme onomatopée (1660) pour le cri des enfants jouant à cache-cache et, de là, pour le cri manifestant une présence inattendue (1887).
Coucou pour désigner une horloge dont la sonnerie est remplacé par un oiseau imitant le cri du coucou est apparu en 1832, c'est donc postérieur à l'emploi du mot dans les jeux d'enfants.
According to the Dictionnaire historique de la langue française:
By analogy with the bird's call, "cuckoo" is used as an onomatopoeia (1660) for the shout of children playing hide and seek and, thereafter, for the interjection signalling an unexpected presence (1887). [user translation]
"Coucou" to designate a clock where the chime has been replaced by a bird imitating the cuckoo's call appeared in 1832, so this happens at a later time than its use in children's games. [user translation]
