Le mot entendre vient du mot latin intendere qui signifie étymologiquement « tendre vers, se tourner vers » et de là au sens figuré « agir dans le but de », « avoir l'intention de », « viser à ». Dès le latin classique, le sens de « porter attention à » est apparu, et de là « comprendre » ainsi que « ouïr » en ancien français.
Les sens autre que « ouïr » ont essentiellement disparu en français moderne. On utilise néanmoins quelquefois entendre dans le sens de « comprendre » ou de « avoir l'intention » dans la langue soutenue. Voir l'article du Trésor de la langue française (II et III) pour des exemples.
Dans ce texte juridique (une décision de justice, je pense), le mot entendre a ici un sens précis : il signifie que l'entité qui écrit ce texte fait référence non seulement aux directives telles qu'elles sont rédigées, mais aussi à l'intention du législateur qui les a rédigées et qui est sous-jacente au texte lui-même (sens « Vouloir quelque chose, avoir l'intention bien arrêtée de » du Larousse, III.B « Avoir la ferme intention, la volonté arrêtée de faire une chose » du TLF). Il s'agit ici de directives européennes, qui n'ont pas force de règlement : elles sont destinées à être transcrites dans la législation de chaque état. Elles ne valent donc pas par leur texte littéral, mais par leur intention. Le mot est également souvent appliqué pour des textes qui ont force de loi, pour signifier l'intention du législateur.
Pour le reste, voir la réponse de Laure.