Je suppose que le changement est le plus souvent, sinon toujours, fondé sur la racine latine ou grecque lorsque il n'est pas dicté par la fin de l'infinitif du verbe ; dans le cas de « naitre » le « qu » est la restitution du « c » dans le latin « nascere ».
Littré Bourg. nâtre ; provenç. nascer, naisser : cat. naixer ; esp. nacer ; port. nascer, nacer ; ital. nascere ; du bas-lat. nascere, dérivé de nasci.