Tout dépend du mètre : on ne peut pas dire que « graphie naturelle » a une prononciation particulière dans n'importe quel contexte.
La règle ne dit ni « toujours le prononcer » ni « ne jamais le prononcer ». Elle dit plutôt :
Si le mètre exige un pied qui n'est pas fourni par les autres syllabes selon leur prononciation habituelle,
choisir un e caduc et le prononcer.
Par exemple, prenons les deux premières strophes du poème « Le misanthrope philinte » de Molière :
Mon Dieu ! des mœurs du temps mettons-nous moins en peine
Et faisons un peu grâce à la nature humaine
Ne l'examinons point dans la grande rigueur,
Et voyons ses défauts avec quelque douceur.
Si on en compte les syllabes on trouvera qu'il y en a 12 dans chaque vers : il s'agit de l'hexamètre. Sauf le troisième vers où il n'y en a que 11 !
On doit donc trouver une autre syllabe pour complémenter ce vers. On la demandera de « grande » dont le e caduc se prononcera.
Par contre on laissera muet le dernier e de « peine » dans le premier vers car on n'en a pas besoin.
Il en est de même pour « graphie naturelle ». On doit savoir de quel vers la phrase est tirée.