« L'étagère la plus haute » (étagère est féminin) serait correct, mais pas idiomatique. On utilise cette construction pour désigner la position qui définit un objet. On peut dire de même « l'étagère du milieu » (s'il y en a trois), « la porte du fond », « le mur de gauche », etc.
Avec l'adjectif haut, « l'objet le plus haut » signifierait sauf précision contraire l'objet dont la dimension verticale est la plus élevée (tallest object) et non celui dont la position verticale est la plus élevée (highest object).
On ne dirait pas « la dernière étagère » parce qu'il n'y a pas d'ordre de parcours intrinsèque. On pourrait très bien parcourir les étagères de haut en bas, et alors la dernière étagère serait la plus basse, c'est-à-dire celle du bas. On dit par contre « le dernier étage » puisque les étages sont numérotés de bas en haut (le premier étage étant celui situé juste au dessus du rez-de-chaussée).